In questo settore il Dipartimento propone e coordina Centri di Riferimento Diagnostico, con la messa a punto e l'uso di tecnologie diagnostiche avanzate (Real-time PCR quantitativa, Multilocus Sequence Typing, Fluorescence amplified Fragment Lenght Polymorphism, Microarrays genomici e proteomici, MALDI-TOF ed altre). Particolare attenzione è dedicata alla Bioinformatica ed alla costruzione e condivisione di Database molecolari.
L'influenza, per la sua elevata contagiosità, variabilità antigenica ed esistenza di serbatoi animali, costituisce un grave problema di sanità pubblica. L'elevato grado di instabilità genetica porta alla continua emergenza di nuove varianti virali, causa delle ricorrenti epidemie stagionali. Ciò comporta la necessità di procedere ad un sistematico aggiornamento delle formulazioni vaccinali.
Al contrario di pochi anni fa, quando un atto di bioterrorismo era ritenuto piuttosto remoto, gli eventi recenti e la situazione internazionale complessiva, inducono oggi a ritenere che un attacco bioterroristico anche su larga scala sia di fatto possibile. In questo contesto, tutte le istituzioni di ricerca internazionali sono impegnate nella validazione puntuale degli strumenti di lotta ai vari agenti di classe A e alla programmazione di ricerche atte a colmare deficienze di conoscenza il più rapidamente possibile. Strumento da tutti ritenuto essenziale per la riuscita di questa strategia è una forte collaborazione internazionale.
Per diagnostica molecolare in microbiologia medica si intende solitamente la possibilità di identificare un organismo in base ad una o più sequenze geniche specifiche. La diagnostica molecolare si rivela spesso, ma non sempre, più sensibile e/o più specifica dei metodi tradizionali e si ricorre sempre più ad essa quando il microrganismo sia difficilmente od affatto coltivabile, quando cresca molto lentamente in vitro (M. tuberculosis), quando la sua manipolazione possa essere troppo pericolosa per l'operatore e/o per la comunità (come ad esempio per antrace e ,più in generale, per tutti gli altri agenti di classe.
All'interno delle popolazioni di patogeni appartenenti alla stessa specie, od alla stessa polozione virale, esiste un'ampia diversità genetica costituita da più o meno numerose sotto-popolazioni geneticamente uniformi, chiamate "cloni", che riflette la divergenza evolutiva derivante da mutazioni e trasferimento di geni all'interno della stessa specie o popolazione.
Alcuni dei più devastanti "disastri naturali" che si ricordino sono stati causati dalla diffusione incontrollata di agenti infettanti causa di malattia e morte per l'uomo, a partire dalle epidemie di peste nel Medio Evo fino alle pandemie di influenza dell'inizio di questo secolo e più recentemente alla diffusione dell'HIV, esempio eclatante di come, nonostante l'accresciuta conoscenza ed il miglioramento delle condizioni di vita, il problema delle infezioni emergenti debba essere considerato drammaticamente attuale.
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