TEMA

Alimentazione, nutrizione e sicurezza degli alimenti

Alimentazione, nutrizione e sicurezza degli alimenti

La via alimentare è tra le principali modalità di esposizione ai pericoli chimici e microbiologici in grado di produrre effetti di salute nell'uomo e nelle popolazioni animali. La dimensione globale dell'industria alimentare, i suoi volumi produttivi, le tecnologie di trasformazione delle materie prime e le connessioni con le problematiche ambientali, espongono la filiera alimentare a rischi capaci di riverberarsi sulla sicurezza degli alimenti. La via alimentare è anche la modalità attraverso cui assumiamo i nutrienti per la nostra vita e il nostro benessere. Secondo l’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), 1/3 delle malattie cardiovascolari e tumorali è prevenibile grazie a una corretta alimentazione e 600 milioni di persone si ammalano ogni anno, nel Mondo, a causa del cibo non sicuro.

Integrare tutte le dimensioni della relazione alimento/salute sull'intera filiera, dalla produzione al consumo, è il principio ispiratore della politica europea e l'approccio che l'Istituto Superiore di Sanità (ISS) declina in modo unitario e interdisciplinare negli ambiti della sicurezza alimentare, delle malattie a trasmissione alimentare (MTA), delle patologie a base nutrizionale e della prevenzione delle malattie cronico-degenerative.

La ricerca dell'ISS produce conoscenze che informano le azioni di sanità pubblica in merito alla sicurezza chimica e microbiologica degli alimenti, prevenzione e controllo delle zoonosi e MTA, rischi tossicologici emergenti (interferenti endocrini, nanotecnologie), stili alimentari che promuovono la salute, come la dieta Mediterranea, celiachia, allergie ed intolleranze alimentari, strategie nutrizionali per prevenire obesità e malattie croniche non trasmissibili.

L'ISS ospita Laboratori di riferimento nazionali ed europei con funzioni di coordinamento in numerosi settori della sicurezza alimentare, svolge attività di formazione, consulenza e valutazione del rischio a supporto del Servizio sanitario nazionale (SSN) e partecipa con i suoi esperti a numerosi organismi nazionali e internazionali quali European Food Safety Authority (EFSA), European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), Codex Alimentarius, Comitato Europeo di Normazione (CEN).


null E. coli Genomics: Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli

E. coli Genomics: Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli

The E. coli genomics section of the previous website is meant to give the user access to information related with the E. coli genomics and Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli. Efforts will be done to maintain the section constantly updated with the latest releases in the sector.
Information on the updates available will be pushed to all the EU NRL through the “Focus on” mailing list and to any other user via the RSS channel, upon subscription.
This section may also feature downloadable material, including documents related with the EURL for E. coli initiatives in the field, as well as link to usable tools to perform local analyses of NGS data.
All the software and tools included in the list are freeware and are made available directly from the authors’ websites.
Additional links are provided that direct the user to the web environments where it is possible to remotely run analyses using NGS data.
This section is also the portal to access the EURL VTEC-managed Galaxy platform ARIES. It contains tools and workflows developed by the EURL for E. coli and specifically intended for analysing E. coli genomes, as well as other bioinformatics, available on the Galaxy tool shed, for a standard QC and analysis of NGS data.

Related links

Center for Genomic Epidemiology (Technical University of Denmark)
Multi Locus Sequence Typing of E. coli at the University of Warwick (Sanger sequencing)
E. coli reference genomes at NCBI
VelvetOptimizer de novo assembler by Victorian Bioinformatics Consortium for genome annotation
Sequence assembly with MIRA 4
PROKKA by Victorian Bioinformatics Consortium for genome annotation
RAST Rapid Annotation using Subsystem Technology
MAUVE Multiple Genome Alignment
BLAST Ring Image Generator (BRIG)
Galaxy CRS4 Orione (data intensive biology)
Tablet: A high-performance graphical viewer for NGS assemblies and alignments
Integrated Genome Browser (IGB). A piece of software to browse genomic data.


• Basic Course on Bioinformatics tools for NGS data mining (Rome, 11-12 June 2015)
• 2nd Course on Bioinformatics Tools for Next Generation Sequencing data mining: use of bioinformatics tools for typing pathogenic E. coli (Rome, 16-17 June 2016)
• 3rd Course on Bioinformatics Tools for Next Generation Sequencing data mining: use of bioinformatics tools for typing pathogenic E. coli (Rome, 18-19 June 2018)