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L’analisi delle varianti viene effettuata da oltre 70 laboratori delle singole regioni, che rispondono a precisi standard qualitativi sotto il coordinamento dell’Iss.  Dal 29 aprile 2021 è attiva la piattaforma per la sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co- Gen) che consente di raccogliere e analizzare le sequenze identificate sul territorio nazionale e dialogare con le piattaforme internazionali. La piattaforma consente di emanare degli ‘alert’, indicando sequenze di particolare interesse. I dati di sequenziamento sono riportati anche nel “sistema di sorveglianza integrata' che, nell’ambito di tutti i casi confermati raccoglie, se disponibile, anche  il nome della  variante of concern (VOC) identificata tramite  genotipizzazione o sequenziamento. La forza di questo sistema è che è in grado di collegare la variante con  le  caratteristiche del paziente da cui è stata identificata (età, status vaccinale, residenza ecc.) Tuttavia, questi dati, data la loro complessità ed articolazione richiedono tempi più lunghi per il loro consolidamento e pertanto dono meno tempestivi.

Attualmente, sulla base di questi due flussi di dati,  l’Istituto produce due report periodici, consultabili a questo link.

- una ‘flash survey’, realizzata sottoponendo a sequenziamento un numero di campioni statisticamente significativo raccolti in un determinato giorno, che dà una ‘fotografia’ della prevalenza delle varianti. Le flash survey sono uno strumento che si usa quando ci sono determinate condizioni epidemiologiche per arricchire gli strumenti di analisi. 

- un bollettino su “Prevalenza e distribuzione delle varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica in Italia”. Nel rapporto confluiscono i dati del sequenziamento quotidiano da parte delle regioni su campioni casuali e categorie particolari, in accordo con il Ministero della Salute e gli  Organismi Internazionali (ECDC OMS). Il bollettino contiene anche i dati delle sequenze depositate su I-Co-Gen

A questo si aggiunge una sistema di 'rapid alert' (Ewrs) gestito dal ministero della Salute, che raccoglie le prime segnalazioni di casi sospetti o di sequenziamenti parziali che una volta confermati confluiscono nei flussi precedenti.  

L'Iss coordina anche la sorveglianza della presenza del virus nelle acque reflue, attraverso una rete di laboratori regionali.