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L’ analisi delle varianti in Italia si avvale attualmente di diversi flussi di dati
- Dati provenienti dalla piattaforma ITALIAN-COVID19-GENOMIC (I-Co-Gen) -ISS. Attualmente la piattaforma riceve dati di sequenziamenti effettuati da 75 laboratori delle singole regioni che rispondono a precisi standard qualitativi, sotto il coordinamento dell’ISS. La piattaforma permette di caricare le sequenze identificate e dialoga con le piattaforme internazionali condividendo automaticamente le sequenze. La piattaforma consente anche di emanare degli ‘alert’, indicando sequenze di particolare interesse. Ad oggi, la piattaforma conta più di 85.000 sequenze.
- Dati provenienti dalle flash surveys. Queste vengono realizzate sottoponendo a sequenziamento un numero di campioni statisticamente significativo raccolti in un determinato giorno. L’analisi dà la ‘fotografia’ della prevalenza delle varianti in un determinato giorno ed è rappresentativa della realtà territoriale. Le flash surveys rappresentano uno strumento utile per arricchire gli strumenti di analisi in presenza di determinate condizioni epidemiologiche. Attualmente alle flash surveys partecipano 114 laboratori.
- Dati di sequenziamento o genotipizzazione riportati nel “Sistema di Sorveglianza Integrata COVID-19”. Questo sistema, nell’ambito di tutti i casi confermati, raccoglie, se disponibile, anche il nome della variant of concern (VOC) identificata. La forza di questo sistema è che è in grado di collegare la variante con le caratteristiche del paziente da cui è stata identificata (età, status vaccinale, residenza ecc.), cosa al momento non possibile in I-Co-Gen. Tuttavia, questi dati, data la loro complessità ed articolazione richiedono tempi più lunghi per il loro consolidamento e pertanto sono meno tempestivi.
- A questi si aggiunge un sistema di 'rapid alert' (Early Warnings Rapid System, EWRS ) gestito dal Ministero della Salute, che raccoglie le prime segnalazioni di casi sospetti sulla base di rilevamenti con sistemi rapidi che, una volta confermati, confluiscono nei flussi precedenti. Questo è ora un sistema importante perché ci dà una fotografia più tempestiva della circolazione di nuove varianti, ma è anche meno preciso e difficilmente sostenibile per tempi lunghi.
