Covid-19: sulla piattaforma ICoGen 84 sequenze della variante Omicron

ISS 18 dicembre 2021 Sono salite a 84 le sequenze della variante Omicron analizzate e depositate nella piattaforma ICoGen, che riceve le segnalazioni della rete di oltre 70 laboratori
regionali coordinata dall’Iss. Il dato è in forte crescita rispetto alle 55 presenti ieri
mattina.
La maggior parte delle segnalazioni (aggiornate alle ore 9 del 18 dicembre) è
arrivata da Lombardia (33) e Campania (20, di cui 7 legate al ‘caso indice’ di fine
novembre), mentre in generale la variante è segnalata in 13 regioni (Lazio 8,
Puglia 7, Veneto 5, Piemonte e Emilia Romagna 2, Abruzzo, Calabria, Liguria,
Sardegna, Sicilia, Toscana 1) e 1 PA (Bolzano,1). Lunedì 20 dicembre sarà
effettuata una nuova flash survey per stimare la prevalenza della variante.
“La presenza della Omicron era largamente attesa, in linea con quanto osservato
anche negli altri paesi, ed è probabile un aumento dei casi nei prossimi giorni -
spiega Silvio Brusaferro, presidente dell’Iss -. La crescita del numero dei casi
depositati testimonia l’efficienza della rete di monitoraggio, e dei sistemi messi in
campo per seguire l’evoluzione della variante. Restano fondamentali le
raccomandazioni date finora, di iniziare o completare il ciclo vaccinale anche con

la terza dose, di usare la mascherina quando indicato e di seguire le misure
individuali e collettive per ridurre al minimo la diffusione del virus”.

Come funziona il monitoraggio del virus
L’analisi delle varianti viene effettuata in collaborazione con oltre 70 laboratori
delle singole regioni/PA, che rispondono a precisi standard qualitativi sotto il
coordinamento dell’Iss. Dal 29 aprile 2021 è attiva la piattaforma per la
sorveglianza genomica delle varianti di SARS-CoV-2 (I-Co- Gen) che consente di
raccogliere e analizzare le sequenze identificate sul territorio nazionale e
dialogare con le piattaforme internazionali. La piattaforma consente di emanare
degli ‘alert’, indicando sequenze di particolare interesse. I dati di sequenziamento
sono riportati anche nel “sistema di sorveglianza integrata' che, nell’ambito di
tutti i casi confermati raccoglie, se disponibile, anche il nome della variante of
concern (VOC) identificata tramite genotipizzazione o sequenziamento. La forza di
questo sistema è che è in grado di collegare la variante con le caratteristiche del
paziente da cui è stata identificata (età, status vaccinale, residenza ecc.) Tuttavia,
questi dati, data la loro complessità ed articolazione richiedono tempi più lunghi
per il loro consolidamento e pertanto dono meno tempestivi.
Attualmente, sulla base di questi due flussi di dati, l’Istituto produce due report
periodici, consultabili a questo link.
- una ‘flash survey’, realizzata sottoponendo a sequenziamento un numero di
campioni statisticamente significativo raccolti in un determinato giorno, che dà
una ‘fotografia’ della prevalenza delle varianti. Le flash survey sono uno
strumento che si usa quando ci sono determinate condizioni epidemiologiche per
arricchire gli strumenti di analisi.
- un bollettino su “Prevalenza e distribuzione delle varianti di SARS-CoV-2 di
interesse per la sanità pubblica in Italia”. Nel rapporto confluiscono i dati del
sequenziamento quotidiano da parte delle regioni su campioni casuali e categorieparticolari, in accordo con il Ministero della Salute e gli Organismi Internazionali
(ECDC OMS). Il bollettino contiene anche i dati delle sequenze depositate su I-Co-
Gen
A questo si aggiunge un sistema di 'rapid alert' (Ewrs) gestito dal ministero della
Salute, che raccoglie le prime segnalazioni di casi sospetti o di sequenziamenti
parziali che una volta confermati confluiscono nei flussi precedenti per una
condivisione a livello nazionale e internazionale.