Genomica degli E. coli
ATTIVITÀ
Laboratorio Europeo di Riferimento per Escherichia coli
Questa sezione ha l’obiettivo di fornire informazioni relative alla genomica di E. coli e al Next Generation Sequencing (NGS) applicate allo studio degli E. coli patogeni. Questa sezione è costantemente aggiornata con le ultime pubblicazioni del settore.
Gli aggiornamenti disponibili sono inviati a tutti i LNR dell'UE attraverso la mailing list "Focus on". Se desideri essere inserito nell'elenco dei destinatari, invia un'e-mail a crl.vtec@iss.it.
Questa sezione include materiale scaricabile, inclusi documenti relativi alle iniziative dell’EURL per E. coli, nonché link a strumenti utilizzabili per eseguire analisi dei dati di NGS.
Tutti i software e gli strumenti presenti nella lista sono freeware e sono resi disponibili direttamente dai siti web degli autori.
Sono anche forniti collegamenti aggiuntivi che indirizzano l'utente a piattaforme web dove è possibile eseguire analisi in remoto utilizzando i dati di NGS.
Questa sezione permette anche di accedere al portale della piattaforma Galaxy ARIES gestita dall’EURL-VTEC che contiene strumenti, pipeline e workflow sviluppati dall'EURL per l'E. coli e specificamente destinati all'analisi dei genomi dell'E. coli, nonché di altri dati bioinformatici, disponibili sul tool-shed Galaxy.
Maggiori dettagli sugli strumenti utili per la produzione, la valutazione e l'analisi dei dati di NGS sono disponibili nella pagina web dedicata alle attività del gruppo di lavoro Inter-EUL su NGS (vedi sotto).
Related links
Center for Genomic Epidemiology (Università Tecnica della Danimarca)
Multi Locus Sequence Typing of E. coli at the University of Warwick (per sequenziamenti di tipo Sanger)
EnteroBase: risorsa online per l'analisi e la visualizzazione della variabilità genomica di ceppi batterici appartenenti ai generi Escherichia e Shigella
Genomi di riferimento di E. coli presso l'NCBI
PROKKA: strumento per l'annotazione genica sviluppato dal Victorian Bioinformatics Consortium
RAST: strumento di annotazione genica
MAUVE: strumento per l'allineamento multiplo di genomi
BLAST Ring Image Generator (BRIG) per la visualizzazione di confronti circolari tra genomi, che utilizza dati di assemblaggi genomici
Tablet: un visualizzatore grafico ad alta performance per assemblaggi e allineamenti di dati NGS
Integrative Genomics Viewer (IGV): uno strumento di visualizzazione ad alta performance per l'esplorazione interattiva di dati genomici integrati e ad alta intesità. Supporta diversi tipi di dati, inclusi i dati NGS e le annotazioni genomiche
FigTree: un visualizzatore grafico per gli alberi filogenetici
PHYLOViZ Online: strumento online per la visualizzazione, l'analisi, l'inferenza e la condivisione di analisi filogenetiche
