Pocchiari e il Servizio Sanitario Nazionale

Il suo precedente lavoro all'Istituto, durato 20 anni, gli aveva permesso di acquisire una conoscenza unica dei problemi e delle dinamiche dell'Istituto. L'anno successivo all'insediamento di Pocchiari, il 1973, fu approvata la legge 519 intitolata "Modifiche dei compiti, dei regolamenti e delle strutture dell'Istituto Superiore di Sanità". Fu garantita all'Istituto una maggiore autonomia nelle operazioni, sia pure nell'ambito dei vincoli legislativi e delle decisioni del Governo e del Parlamento. Veniva rafforzato il ruolo consultivo del Consiglio scientifico dell'Istituto e si stabiliva che le Assemblee dei laboratori dovevano essere aperte a tutti per discutere della gestione e dei problemi del personale. Le carriere dei tecnici e dei ricercatori venivano modernizzate, con l'introduzione di un sistema che permetteva di accelerare la propria carriera in base ai crediti e ai meriti ottenuti. La ricerca veniva organizzata per grandi aree tematiche e l'Istituto veniva autorizzato a sottoscrivere accordi e contratti con le altre amministrazioni pubbliche e agenzie, nonché con partner stranieri.
Questo portò alla nascita di decreti ad hoc (1976, 1982, 1987), che permisero lo stanziamento di fondi extra, in aggiunta al budget regolare dell'Istituto, grazie a cui divennero operativi, ad esempio, il Progetto sulla Terapia del Tumore, frutto della collaborazione tra l'Italia e gli USA (1987) e nel 1988 il Progetto di ricerca AIDS. Oltretutto nel 1978 era stato creato il Servizio Sanitario Nazionale (SSN), grazie alla legge 833 che aveva reso l'Istituto "organo tecnico-scientifico del SSN", con la clausola politica, tuttavia, di stabilire un'istituzione separata a cui venivano affidata la ricerca e le attività regolatorie nell'area dell'igiene e della sicurezza del lavoro. Questo ente fu l'Istituto Superiore per la Prevenzione e la Sicurezza del Lavoro (ISPESL).
Gli anni in cui Pocchiari diresse l'ISS furono contrassegnati da una serie di emergenze di sanità pubblica, che coinvolsero l'Istituto sia in laboratorio che sul campo:
<*>nel 1973, lo scoppio di un'epidemia di colera a Napoli e in altri luoghi del Sud Italia; <*>nel 1976, l'incidente dell'ICMESA, una succursale della compagnia farmaceutica svedese, a Seveso, a causa del quale si verificò una contaminazione di diossina nell'ambiente; <*>ancora nel 1976, una contaminazione di arsenico in Manfredonia; <*>tra il 1978 e il 1979, il cosiddetto "Male oscuro", che colpì soprattutto i bambini napoletani,dovuto essenzialmente a infezioni respiratorie divenute fatali perché combinate alle povere condizioni di vita e alla gestione inadeguata della situazione; <*>nel 1980, i problemi di salute creati dal terremoto che colpì il sud Italia; <*>nel 1986, le ripercussioni dell'incidente di Chernobyl; <*>ancora nel 1986, l'escalation della diffusione dell'AIDS. Alla morte di Pocchiari, nel 1989, si aprì un altro periodo di crisi, un periodo cosiddetto "intermedio", dovuto essenzialmente all'instabilità politica di quegli anni. Seguì dal 1991 al 1995 la direzione di Francesco Antonio Manzoli, già professore di anatomia all'Università di Bologna. Fu poi la volta di Giuseppe Vicari, capo del Laboratorio di immunologia dell'ISS (1993-1996), di Aurelia Sargentini, capo del Laboratorio di ingegneria biomedica (1996-1997) e, nel 1997, di Giuseppe Benagiano, direttore del Programma Speciale di Ricerche sulla Riproduzione Umana delle Nazioni Unite.
Nel 2000 venne nominato presidente dell'ISS il professore Enrico Garaci che ha gestito la riorganizzazione dell'Istituto e che detta le nuove linee di indirizzo dell'attività scientifica. All'inizio del 2001 il decreto 70 stabilì che l'Istituto doveva agire come agenzia autonoma provvista di una propria personalità giuridica sotto la sorveglianza del Ministero della Salute. La riforma ha dotato l'Istituto di autonomia scientifica, amministrativa e gestionale, pur restando organo tecnico-scientifico del SSN. Nel 2001, inoltre, è stato nominato Direttore Generale Sergio Licheri, con funzioni amministrative.