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Gruppo di lavoro dei laboratori di riferimento dell'Unione Europea sul sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing, NGS)
Il gruppo di lavoro dei laboratori di riferimento dell'Unione Europea è stato istituito dalla Commissione Europea con l'obiettivo di promuovere l'uso del sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing, NGS) nelle reti EURL, sviluppare la capacità di utilizzo dell’NGS all'interno dell'UE e garantire collegamento tra il lavoro degli EURL e il lavoro dell'EFSA e dell'ECDC sul mandato di sviluppo dell’NGS ricevuto dalla Commissione. Il Gruppo di Lavoro comprende tutti gli EURL che operano nel campo della contaminazione microbiologica di alimenti e mangimi ed è coordinato dall'EURL per E. coli.
Membri del gruppo di lavoro Inter EURL sull’NGS:
EURL E. coli (coordinatore)
EURL Listeria monocytogenes
EURL CPS
EURL Salmonella
EURL Campylobacter
EURL Parassiti
EURL AR
EURL Virus trasmessi da alimenti
Osservatori: SANTE G4, EFSA, ECDC
I documenti presentati in questa sezione hanno lo scopo di fornire indicazioni ai laboratori nell'ambito dell’applicazione delle metodiche NGS e sono stati prodotti dal gruppo di lavoro con l'obiettivo di diffonderli a tutte le reti di Laboratori Nazionali di Riferimento. Di seguito si allegano i documenti a cura dell’EURL-VTEC.
Overview of conducted and planned PTs – a cura dell’EURL Antimicrobial Resistance
Reference Whole Genome Sequencing collection – a cura dell’EURL Salmonella
Guidance document for WGS-laboratory procedures – a cura dell’EURL Parasites
Bioinformatics tools for basic analysis of Next Generation Sequencing data – a cura dell’EURL VTEC
Guidance document for Whole Genome Sequencing - cluster analysis – a cura dell’EURL Campylobacter
Guidance document for NGS-Benchmarking – a cura dell’EURL Listeria
Inventory of training supports – a cura dell’EURL Coagulase Positive Staphylococci
Survey on the use of NGS across the NRLs networks – a cura dell’EURL VTEC
Supporting document for preparing high quality DNA for Whole Genome Sequencing - a cura dell’EURL VTEC
Proficiency Tests on Next Generation Sequencing: approaches in use at the European Union Reference Laboratories (Webinar, 29 September, 2023)
Vocabolario EU-RL-VTEC
E. coli genomics