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Sanità pubblica veterinaria

Sanità pubblica veterinaria

Il complesso rapporto tra salute dell’uomo, delle popolazioni animali e dei contesti ambientali attraverso i quali esso si articola, direttamente o per il tramite della catena alimentare, costituisce il cardine della attività di Sanità pubblica veterinaria (SPV) e degli ambiti della medicina veterinaria che contribuiscono maggiormente alla salute e benessere dell'uomo.

Essa copre molteplici aspetti del rapporto uomo/animale, quali: la salute e il benessere degli animali, lo sviluppo e la gestione del farmaco veterinario, l'intervento veterinario in corso di catastrofi, l'igiene urbana veterinaria, la gestione sanitaria della fauna selvatica. Pertanto, la SPV è componente determinante della visione unitaria del concetto di salute che prende il nome di One Health, moderna concezione dei rapporti fra salute dell'uomo, degli animali e dell'ambiente.

Le zoonosi, ovvero le malattie trasmissibili dagli animali all'uomo, sono uno degli ambiti più consolidati della SPV. Oltre il 70% delle malattie emergenti dell'uomo ha un'origine zoonotica. Si va da malattie “storiche” come rabbia e salmonellosi, a malattie emerse negli ultimi decenni (ebola, SARS, HIV/AIDS, derivante dal virus dell’immunodeficienza della scimmia, epatite E, malattie da prioni). L'approccio interdisciplinare della One Health è determinante per lo studio e gestione delle zoonosi.

Attività prioritarie dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS) sono la ricerca sull'eziologia, patogenesi ed epidemiologia delle zoonosi, in particolare di quelle a trasmissione alimentare e vettoriale e i sistemi di sorveglianza integrata medico-veterinaria, anche in collaborazione con gli Istituti zooprofilattici sperimentali. Aspetti importanti dell’attività ISS nella SPV sono anche l'approccio integrato all'antibioticoresistenza e la sicurezza di farmaci veterinari e mangimi, da cui dipende la salubrità degli alimenti di origine animale.

Altre attività riguardano la sperimentazione animale e le sue alternative con lo sviluppo di modelli sperimentali innovativi, anche in accordo con il principio delle 3R (Replacement, Reduction, Refinement) e l’attività di valutazione tecnico-scientifica in merito al benessere degli animali in sperimentazione.


null E. coli Genomics: Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli

E. coli Genomics: Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli

The E. coli genomics section of the previous website is meant to give the user access to information related with the E. coli genomics and Next Generation Sequencing (NGS) applied to the study of pathogenic E. coli. Efforts will be done to maintain the section constantly updated with the latest releases in the sector.
Information on the updates available will be pushed to all the EU NRL through the “Focus on” mailing list and to any other user via the RSS channel, upon subscription.
This section may also feature downloadable material, including documents related with the EURL for E. coli initiatives in the field, as well as link to usable tools to perform local analyses of NGS data.
All the software and tools included in the list are freeware and are made available directly from the authors’ websites.
Additional links are provided that direct the user to the web environments where it is possible to remotely run analyses using NGS data.
This section is also the portal to access the EURL VTEC-managed Galaxy platform ARIES. It contains tools and workflows developed by the EURL for E. coli and specifically intended for analysing E. coli genomes, as well as other bioinformatics, available on the Galaxy tool shed, for a standard QC and analysis of NGS data.

Related links

Center for Genomic Epidemiology (Technical University of Denmark)
Multi Locus Sequence Typing of E. coli at the University of Warwick (Sanger sequencing)
E. coli reference genomes at NCBI
VelvetOptimizer de novo assembler by Victorian Bioinformatics Consortium for genome annotation
Sequence assembly with MIRA 4
PROKKA by Victorian Bioinformatics Consortium for genome annotation
RAST Rapid Annotation using Subsystem Technology
MAUVE Multiple Genome Alignment
BLAST Ring Image Generator (BRIG)
Galaxy CRS4 Orione (data intensive biology)
Tablet: A high-performance graphical viewer for NGS assemblies and alignments
Integrated Genome Browser (IGB). A piece of software to browse genomic data.


• Basic Course on Bioinformatics tools for NGS data mining (Rome, 11-12 June 2015)
• 2nd Course on Bioinformatics Tools for Next Generation Sequencing data mining: use of bioinformatics tools for typing pathogenic E. coli (Rome, 16-17 June 2016)
• 3rd Course on Bioinformatics Tools for Next Generation Sequencing data mining: use of bioinformatics tools for typing pathogenic E. coli (Rome, 18-19 June 2018)


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