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Il repository "SAPIENT” (ShAring Platform of host Immune and non-immune responses to Emerging iN-fecTions") vuole riunire dati sulla risposta dell’ospite indotta entro le prime ore/giorni dall'interazione delle cellule target dell’infezione e quelle dell’immunità innata con virus e, più in generale, con patogeni emergenti e ri-emergenti.
La peculiarità di SAPIENT consiste nell'integrazione di risultati derivati da analisi condotte in sistemi cellulari 2D e 3D, che includono cellule del sistema immunitario innato e di diversi tessuti target, infettati in vitro.
SAPIENT rappresenta pertanto un "contenitore" in cui ricercatori interessati potranno trovare spazio per le loro ricerche sia depositando i loro dati sia attingendo dai datasets già presenti ricavando così informazioni utili per l'avanzamento delle loro e delle altrui conoscenze sull'interazione tra ospite e patogeno.
Qualora si voglia accedere ai datasets contenuti in SAPIENT, troverete il modulo di richiesta nella sezione dedicata insieme alle indicazioni e requisiti necessari per la richiesta.
SAPIENT è stato sviluppato nell'ambito del partenariato esteso INF-ACT.
Perché
Diversi approcci sperimentali sono stati utilizzati per generare informazioni integrate in diversi modelli cellulari di infezione 2D e 3D relative all'espressione del trascrittoma bulk o a singola cellula, del secretoma, di molecole rilasciate relative allo stato infiammatorio, redox e/o antivirale, alle modificazioni dell’immunofenotipo e di marcatori di attivazione o differenziamento, allo stato di tossicità e citotossicità.
Per integrare questo pannello di analisi focalizzate soprattutto sull’ospite, negli stessi campioni sono accessibili anche risultati di natura microbiologica per avere una visione complessiva che include sia lo stato dell'ospite che quello del patogeno nel modello prescelto.In questo modo si avrà una visione a 360°C dell’interazione ospite-patogeno, approccio che rende unico SAPIENT.
Partecipanti
Questi risultati sono stati raggiunti attraverso un’attiva e coordinata collaborazione tra gruppi di ricerca complementari per le loro expertise e competenze:
• Istituto Superiore di Sanità (Lab Eliana Coccia),
• Ospedale San Raffaele (Lab Nicola Clementi),
• Università La Sapienza (Lab Lucia Nencioni),
• Università di Padova (Lab Luisa Barzon)
• Università Humanitas (Lab Cecilia Garlanda).
SAPIENT si ripropone di estendere la lista delle collaborazioni ad altri gruppi italiani e esteri di ricercatori interessati all'argomento sia ampliando l’offerta di datasets depositandonuovi dati sia attingendo informazioni utili per ampliare la loro ricerca collaborando all'avanzamento delle conoscenze specifiche nel campo dell’interazione ospite-patogeno.
Il repository
Le informazioni saranno organizzate in 5 cartelle in cui sono presenti:
1) Dati derivati dal sequenziamento a singola cellula
2) Dati derivati dal trascrittoma bulk
3) Dati sul secretoma
4) Dati di immunofenotipo
5) Dati su sequenze di patogeni.
Per informazioni ci si può rivolgere all'indirizzo di e-Mail sapient@iss.it